6-е управление МВД СССР, предназначенное для борьбы с наиболее опасными преступлениями, такими, как коррупция, организованная преступность, наркобизнес было создано 15 ноября 1988 году. Именно в честь создания этого подразделения был учрежден День подразделений по борьбе с организованной преступностью.
Затем Управление прошло ряд преобразований. Сначала в Главное управление, а в 2004 году преобразовано в Департамент по борьбе с организованной преступностью и терроризмом.
Основными направления работы Департамента стала борьба с терроризмом, пресечение наркотрафика, борьба с незаконным оборотом оружия, раскрытие тяжких и особо тяжких преступлений, борьба с коррупцией во всех ветвях власти. Кроме того, Департамент занимается профилактической деятельностью, разрабатывает новые методы и способы противодействия преступному сообществу.  
Большую роль играет взаимодействие с аналогичными структурами соседних государств, особенно со службами государств Средней и Центральной Азии. Обмен информацией и совместное проведение операций дают значительно больший эффект, если бы операции проводились отдельными службами.